【日期】 2017/8/8(二)，8/10(四)

【時間】 ■10:00~12:00 ■13:00~16:00

【地點】 計中 212 教室（電腦教室）

【費用】 臺灣大學及國立臺灣大學系統 1000 元，其他 2000 元

【主辦單位】國立臺灣大學計算機及資訊網路中心（臺大計中）

【協辦單位】國立臺灣大學生物產業機電工程學系

國立臺灣大學生機系 陳倩瑜 教授

學歷：國立台灣大學 資訊博士 (2003) / Stanford University 電機碩士 (1998)
經歷：
1. 國立台灣大學生機系教授 (2013/08 ~ 迄今)
2. 國立台灣大學生機系副教授 (2008/08 ~ 2013/07)
3. 國立台灣大學生機系助理教授 (2005/08 ~ 2008/07)
4. 元智大學生物科技暨生物資訊研究所 (2004/02 ~ 2005/07)
研究專長：1. 生物資訊 2. 機器學習
個人網頁：http://bioinfo.bime.ntu.edu.tw/c4lab/

自次世代定序 (NGS, Next-generation Sequencing) 技術成熟之後，開啟了各物種(模式生物或非模式生物)皆能利用 NGS 進行轉錄體 (Transcriptome) 表現分析的時代。轉錄體定序 (RNA-seq) 資料分析能用來定義轉錄序列集合 (transcript set)、尋找不同組織是否有特異的剪接模式 (tissue-specific splicing)以及分析基因表現 (gene expression)，已然成為這個世代不可或缺的分析工具，對生命科學與農業或醫學的基礎科學研究產生莫大影響。

本課程將為大家介紹轉錄體定序資料的基本特性分析流程，針對沒有參考基因體或轉錄體的物種，額外提供從新組裝轉錄序列 (de novo assembly of transcripts) 的分析流程教學，教導學員從定序初始資料 (FASTQ files) 出發，學習如何進行序列組裝 (sequence assembly) 或基因表現差異分析 (differential analysis)，過程中使用 NTU Galaxy (http://140.112.94.76/c4galaxy/) 生物資訊分析平台，引領非資訊工程背景的同學，能盡快排除NGS 資料分析的入門障礙。

1. Introduction to RNA-seq (library preparation and sequencing)
2. Examination of read quality (FastQC)
3. Read filtering and trimming (Trimmomatic)
4. De novo transcriptome assembly (Trinity)
5. Read mapping (Bowtie2)
6. Transcript expression quantification (RSEM)
7. Transcript annotation (BLASTx)
8. Differential analysis (DESeq)
9. BLASTx output parsing
10. GO analysis

適合對次世代定序或轉錄體定序資料分析有興趣的同學與研究人員參加。

1.本課程安排為每日上午講師授課，下午學員操作實習。
2.全程參與本課程，並且通過評量，將核發結業證書。